即“祖拉康”，是桑耶寺的中心主殿。大殿坐西向东，四周有围墙，每边长约70米，殿高3层，底层为藏式，中层为汉式，顶层为印度式建筑风格，故又称“三样式”。大殿底层分前后两部分。经堂面宽7间，进深4间，两侧各有7尊吐蕃法王和祖师塑像。经堂内悬挂大小幡幢，多姿多彩，富丽堂皇。经堂和佛殿之间有三道高大的殿门。佛殿内主供一尊高大的释迦牟尼像，是用整块巨石雕刻而成。大殿二层由佛殿、前厅、达赖喇嘛寝宫等组成，主供大日如来像；大殿三层中间为回字形立柱，上部梁架悬挑，斗拱交接，十分复杂。大殿和通道回廊均绘满壁画，以题材广泛、内容丰富、技艺精湛而著称。其中“
西藏史画”、“桑耶史画”、“舞蹈杂技”、“举重揉道”、“田径赛马"等最为精彩，蔚为大观。大殿正门侧廊有石狮一对，正门南侧有石碑一方，据传均为墀松德赞时期的文物，古藏文碑刻仍约略可辨。正门门廊悬挂唐式古钟一口，铭文犹存。门楣挂有清代皇帝御赐“格鲁伽蓝”汉文匾额一帧。
十二洲 邬孜大殿四周分别建有四大殿八小殿及辅助建筑。南面有丹尊拉康(阿利耶巴洛洲)、甲嘎林(印度翻译洲)、阿巴林(调魔真言洲)；西面有强巴林(兜率慈氏洲)、班扎林(毫杰贝札洲)、桑典林(不动静虑洲)；北面有色界拉康(菩提发心洲)、摄仓林(白哈尔神库洲)、甲察林(多种宝贝洲)；东面有强白林(胜智文殊洲)、赤康林(清静律洲)、赤麦洲(达觉仓巴洲)。
大殿的南北两侧，有达瓦拉康(下亚霞，妙宝殿)和尼玛拉康(上亚霞，妙满殿)。此外，还有展佛台、足金尼满殿、足金拉康、嘎马康、热主扎仓和厨房等。
四色佛塔及围墙 邬孜大殿东北、东南、西南、西北四角，分别建有形制与颜色各异的4座佛塔。东北角法轮塔为绿色，用蓝琉璃砖砌成，代表大乘佛，呈四方多角形有3层，一、二层均有佛龛，供奉佛像，顶层为法轮；东南角为白塔，代表小乘声闻，塔身方形，腰部以上逐层收缩如阶梯，覆钵形塔瓶宽大而不设龛门，塔周围墙顶上有小塔1 08座；西南角红塔，代表大乘菩萨，塔身用砖石砌成，形方而实圆；西北角为黑塔，代表小乘独觉，为条石砌成，塔身如覆锅，共3层。4塔形制特别，风格古朴。院周环以圆形围墙，厚1．2米，高4米，墙上耸立着1 080座小白塔，塔间距离约1米左右。四向开4座寺门，以东门最大，系寺院正门。距围墙约9．5米处，有一圈转经轮墙，墙厚0．9米，高1．5～1．7米，距地约0．8米处镶嵌转经轮，高40公分，直径20公分。围墙与嘛呢墙之间形成了一条转经礼拜道。
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